
En 1815 fue reconquistado su territorio por el ejército del rey Fernando VII, siendo nuevamente restaurado, hasta que el ejército rebelde logró su independencia definitiva del poder español en 1819.

La capital del virreinato se situó en la ciudad de Santa Fe (hoy Bogotá). El escudo de armas del virreinato fue heredado por la ciudad de Bogotá, actual capital de la República de Colombia, que lo conserva como su insignia.
En 1508 la Tierra Firme fue dividida entre Diego de Nicuesa, quien obtuvo la gobernación de Veragua o Castilla de Oro, que iba desde el río Atrato en el golfo de Urabá hasta el cabo Gracias a Dios y Alonso de Ojeda, la de Nueva Andalucía, desde el río Atrato al Cabo de la Vela. Nicuesa fundó "Nombre de Dios" y Martín Fernández de Enciso "Santa María La Antigua del Darién", ambas en 1510.
Poco después, a partir del 1 de marzo de 1511 Vasco Núñez de Balboa se hace cargo de Veragua (incluyendo a Darién) y fue nombrado por el virrey Diego Colón como su lugarteniente en Darién.

En mayo de 1513 Pedrarias Dávila fue nombrado gobernador y capitán general de Castilla de Oro, que incluía todo el territorio de la costa desde el Cabo de la Vela hasta el actual Panamá, con excepción de Veraguas, llegando a Darién en julio de 1514.
Fundó "Nuestra Señora de la Asunción de Panamá" el 15 de agosto de 1519. Nueva Andalucía fue suprimida y Balboa recibió el 23 de septiembre de 1514 el nombramiento de "Gobernador de Coiba y Panamá y Adelantado de la Mar del Sur" subordinado a Castilla del Oro.
En 1525 Fernández de Oviedo intentó extablecer una gobernación en la zona de Cartagena (Gobernación de Cartagena), pero no prosperó hasta la fundación de la ciudad en 1533.
El 26 de febrero de 1538 fue establecida en el Istmo, la Real Audiencia de Panamá por Real Cédula expedida por Carlos V.

En 1550 se crea la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá dentro del Virreinato del Perú con jurisdicción sobre el Nuevo Reino de Granada y las gobernaciones de Santa Marta, Cartagena y Popayán.
En 1567 el capitán Andrés Gómez Hernández fue nombrado gobernador de la Gobernación del Chocó, Dabaibe y Valle del Baeza, pero no llegó a su destino al morir en Cartagena.
La débil dependencia del gobierno del Nuevo Reino de Granada en Santa Fe de Bogotá, con el del virreinato del Perú en Lima, la lentitud de las comunicaciones entre las dos ciudades, sumados a los constantes conflictos desde el año 1582, entre el gobierno de los Presidentes de la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá y el arzobispado de Santa Fe, situación confirmada por la presencia en la colonia de visitadores, enviados por la Corona, entre ellos Infante de Venegas, llevan a recomendar a Felipe V la creación de un Virreinato independiente en La Nueva Granada en 1717, finalmente decidido en el año 1718.

Sin embargo, y a pesar de los intentos esporádicos hacia reformas encaminadas a mejorar la eficiencia y centralización de la autoridad, en ningún momento el control y cohesion de esta colonia llegó a ser el realmente deseado en España.
Entre las consideraciones que manejó la corona para su creación, hay dos hechos esenciales. En primer lugar, la zona era la más importante del continente en cuanto a la producción aurífera. En segundo lugar, su situación estratégica entre los dos océanos y de ser una de las puertas de entrada al occidente de la América del Sur, le permitiría enfrentar mejor el contrabando y los ataques de piratas y filibusteros con un punto más cercano al Caribe.
En cuanto a la población del virreinato, señala Carlos Malamud: "A lo largo de la centuria, la población del virreinato fue en constante aumento, estimándose una tasa de crecimiento para el último cuarto del siglo del orden del 1,5% anual. Según el censo de 1778, la población del virreinato, con exclusión de los territorios integrados en la Real Audiencia de Quito, ascendía a 742.759 habitantes. W.P.McGreevey estimó que la población de los territorios que forman la actual Colombia ascendía a 940.000 habitantes". Finalmente, la mayor concentración de población (62%) se encontraba en los altiplanos andinos Colombianos.
Al momento de la separación de Venezuela, en 1742, el virreinato quedó formado por el Nuevo Reino de Granada (gobernaciones de Nuevo Reino, Cartagena, Santa Marta, Maracaibo, Antioquia, Popayán y Guayana), Quito (gobernaciones de Quito, Quijos, Macas, Esmeraldas y algunos corregimientos) y Panamá (gobernaciones de Panamá y Veraguas). Las gobernaciones de la Guayana, Margarita, Mérida y Maracaibo fueron posteriormente incluidas en la Capitanía General de Venezuela.
En 1764 se creó la Gobernación de Guayaquil.
El 13 de febrero de 1789 la provincia de Riohacha fue separada de la de Santa Marta, ambas habían sido fusionadas el 17 de enero de 1593.

Los territorios del virreinato se ganaron su independencia de España, entre 1819 y 1822, después de una serie de revueltas militares y políticas, unificándose posteriormente con los de la anterior Capitanía General de Venezuela en una República conocida hoy como la Gran Colombia.
Cuando, lo que hoy podría ser, Ecuador y Venezuela se separaron durante la disolución de la Gran Colombia, Bogotá se constituyó en la capital de la nueva República de la Nueva Granada.
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